Schwaningen è uno degli insediamenti più antichi del distretto rurale di Waldshut. Già nel 766 un documento del monastero di St. Blasien menzionava l'esistenza di un luogo chiamato "Svaninga". Il nome fu sottoposto a numerosi cambiamenti fino a quando il paese, a partire dall metà del XVI secolo, venne chiamato Schwaningen. Altrettanto spesso cambiarono le famiglie che dominarono Schwaningen; dapprima furono i langravi di Stühlingen, poi di Küssaberger ai quali succedettero i conti di Lupfen.

Nel 1524 i vessati contadini del Langraviato si ribellarono alla oppressione della nobiltà. Il 23 giugno, il giorno di San Giovanni, si unirono contro il loro signore, il conte Sigmund von Lupfen. Fra i delegati dei contadini, che speravano in un esito amichevole delle controversie ed in un miglioramento della loro misera situazione grazie alla mediazione del consiglio della città di Sciaffusa, c'era anche un certo Clewi Hotz di Schwaningen. Ma le trattative fallirono a causa dell'inflessibilità dei nobili. Invece di portare i diritti e le libertà tanto auspicati, la sfortunata rivolta portò ai contadini una miseria ancora maggiore.

La Guerra dei Trent'anni afflisse per anni anche la tranquilla valle di Mehrenbach. Nel 1633 trentamila depravati lanzichenecchi di una schiera di soldati franco-svedesi a cavallo si trovano, sotto il comando del famigerato capitano Villefranche, nei pressi di Stühlingen. Quando nel 1647 le ultime truppe si ritirarono, lasciarono indietro una terra devastata in maniera desolante.

Nel 1775 fu inaugurata la chiesa parrocchiale cattolica dedicata a San Martino. Il bellissimo altare maggiore in stile rococò forma un'unità incomparabile insieme all'immagine dell'altare che rappresenta la Madonna ed è opera di un maestro sconosciuto, alle statue di San Rocco e San Sebastiano e al pulpito di stile rococò perfettamente riuscito. Sull'arcata del coro si intravede lo stemma dei Fürstenberg.

La catastrofe provocata dal fuoco nel 1911

Una giornata nera per il nostro paese fu il 28 agosto 1911. Un incendio disastroso ridusse in cenere, oltre alla casa parrocchiale e al granaio delle decime, altri 32 edifici. Fra questi anche la locanda "Zur Brauerei" - che dopo la ricostruzione prese il nome di "Schwanen".

Nel 1973 Schwaningen è diventato una frazione di Stühlingen in seguito alla contestata - e non solo qui - riforma comunale.